元代的墓祭习俗极为流行，元初吴澄曰:“近世俗人之家，祠堂之外，墓所庵堂及寺观又立祠，以奉祀之多，似若加厚其亲矣。”元末郑玉亦云:“墓祭非古也，自近世以来，莫之能废也。元代的墓所建祠，同建于家的祠堂一样，皆为民间祭祖的风俗。属祠堂制度的一种。戴良说:“先王制礼，缘人情而约之中，故自命士以上家必有庙，庶人无庙惟祭之寝，后世定为祠堂之制，上下同之，而先王礼意行乎其中。墓之有祠，岂亦缘情以起礼者欤!虽然是礼之文也，若其本则孝而已矣。”

墓祠一般建于墓左，其中立有神主。元人杨维桢在《著存精舍记》中说，当时因宗庙制度废，“幸有神位主于冢舍，时节不失其所祀。”当然，在“冢舍”中供奉和祭祀神主不同于一般岁时节日在墓下供祭品、烧香、烧纸钱的展省式“墓祭”，而与“祠堂”祭祖类似。

墓祠还置设有一些墓田，由宗子主持，供祭祀等用。如徽州婺源“汪氏世有赡茔田及地产合三百余亩”，族中俞夫人“更割田二百亩益之，作永思堂，择堪任使者掌守，司春秋祠祭事;经费外有余，以延师训族，皆有成法”。这些墓田为族人所有，不得典卖。

元代墓祠祭祖，比庙祭家祠更具有收族的功效。如元代中叶著名学者虞集指出:墓祭“盖深有维持族姓之意焉，后之君子苟以义起礼，则墓亭之设，因在所不废也”。又说:“今中原之地平衍温厚。故其为茔兆也，高曾而下，凡子孙皆得以次葬，岁时上塚，则犹得以知其处，此为某亲，此为某亲;拜于墓下者，孰为某亲远子，孰为某亲之亲，盖深有维持族姓之意焉。”如徽州婺源汪氏永思堂，“每岁清明节，大会族人致祭，祭讫分遣拜扫……同族人割己田附堂中，至忌日以祀其私亲者咸听”。

对于元代盛行的墓祭，当时士大夫议论颇多。一种看法认为，墓祠祭祖不符合儒家礼制。如元初理学宗师吴澄指出:“近世人家非有旨不得立庙，祠于家者，止曰祠堂;或屋于墓所，而名亦祠堂，非也，盖墓有展亲而无祭祀。” 另一种观点认为，墓祭虽不见于古礼，但是礼以义起、以情起，与儒家提倡的礼在精神上并不相悖，应当允许实行。如袁桷从古代的灵魂观与祭祀的关系论证了墓祭的合理性，他说:“昔之言礼者，则曰魂归于所居，将致其一焉，墓有祭有亭非古矣,”但古人说过“魂气无不之也”，所以不必拘泥于专在祠堂祭祀，“物精神著，其气发扬者，出于丘垅，是则必首于墓”。而且孔子也说过“祭墓为尸”，因此，“是墓有祭矣。祭而不屋，失祭之礼矣”。生活于元代后期的鲁贞也从坟墓的性质以及生者的感情出发论证了墓祭的“合礼”性，他指出:“墓祭非古也，而亲之遗体在是，因其遗体之在是也，为之室屋以奉之，为之牲酒以祀之，置人以守之，给田以赡之，盖后人以义起之，而不悖于礼，所以因承之久，而不可废也。”元末学者苏天爵从慕祭与庙祭对祖先尽孝的一致来论证墓祭的合法性，他认为“后世庙制既亡，而族葬之礼犹在。士之有志于古者，尚可得而稽焉，故既设冢人之官，祭于墓，则有尸是圣人制礼，出于人情之所不忍，以广其孝思之诚者，亦不得而废也。然则冢墓封树之崇，又可不致敬乎!”杨维桢也指出:“自庙制废，而上冢之礼实重于汉之人……孔子之冢孔里，鲁子孙世世祠之不废，则知汉人展墓之礼为爱之切、厚之至也。常建华先生在《元代墓祠祭祖问题初探》一文中指出:“墓祠为祭祖而设。之所以设在墓所，更便于表达对祖先的怀念;祭田也是为祭祖而设，墓祠及其附设的田产是祖先崇拜的产物。”